Erste Staffel

John überprüft im Rahmen seiner Tätigkeit die finanzielle Unterstützung für das Project Blue Book und kommt dabei einer Geheimorganisation namens Majestic 12 auf die Spur. Er konfrontiert den Leiter von M12, Captain Frank Bach, mit seiner Vermutung, daß M12 eine "Black Operation" ist, die geheime Fluggeräte für das US-Militär testet. Bach klärt John auf: in Roswell ist ein Ufo abgestürzt und seither arbeitet M12 gegen die außerirdische Bedrohung. John läßt sich von M12 anwerben und hat Anteil an der Entdeckung, daß ein außerirdischer Organismus, das Ganglion, sich in den Gehirnen von Menschen einnisten kann, um diese zu kontrollieren.

Kim wird von den Grauen entführt und mit einem Ganglion ausgestattet. Mit Hilfe einer neuen Technik eines M12-Mediziners schafft John es, das Ganglion aus Kim herauszuzwingen, bevor es permanenten Schaden anrichten kann.

Als John herausfindet, daß M12 so geheim ist, daß nicht mal der Präsident davon wissen darf, stiehlt er ein Beweisstück und läßt es Präsident Kennedy zukommen - kurz darauf fällt JFK in Dallas einem Attentat zum Opfer. John wirft Bach vor, das Raumschiff über Roswell ohne Grund abgeschossen zu haben und verdächtigt ihn, JFK aus dem Weg geräumt zu haben, um die Geheimhaltung von M12 sicherzustellen und seine eigene Macht zu erhalten. Bach verteidigt sich und schildert die Ereignisse in Roswell aus seiner Sicht: die Grauen haben der USA den Krieg erklärt. Für das Attentat ist Steele verantwortlich, ein Ex-M12-Agent, der vom Hive, den Außerirdischen, kontrolliert wird.

John und Kim sind auf der Flucht. Auf der Flucht vor dem Hive, weil sie schon viel zu viel wissen. Auf der Flucht vor Majestic 12, weil sie die Bedrohung durch den Hive an die Öffentlichkeit bringen wollen. Und sie sind auf der Suche. Auf der Suche nach weiteren Informationen über den Hive und dessen Pläne. Auf der Suche nach greifbaren Beweisen, mit denen sie vor dir Öffentlichkeit treten können.